In Your Honor, su quinto material de estudio y primer doble (uno repleto de rock y el otro acústico), se lanzó en 2005. Además, contó con las colaboraciones de Norah Jones, John Paul Jones (Led Zeppelin) y Josh Homme (QOTSA). A éste, le siguió Echoes, Silence, Patience & Grace, de 2007. Un año después, publicaron su material en vivo Skin And Bones y en 2009 llegó su primer y único material de Greatest Hits.